در سخنرانی‌های روح‌الله خمینی واژه‌هایی از نوع "بکشید و ببندید" نُقل و نباتی بودند که هم‌چنان از ذهن ناکارآمد و وامانده‌ی او تراوش می‌شد. بر این اساس خیلی راحت دفتر تشکل‌های سیاسی و صنفی را می‌بستند و گردانندگان‌اش را نیز به جوخه‌های اعدام می‌سپردند. محمدی گیلانی، صادق خلخالی و اسدالله لاجوردی برای عملیاتی کردن چنین پروژه‌ای از کشتار چیزی فرو‌نگذاشتند. روح‌الله خمینی حکومتی را پی می‌ریخت که پایه‌های آن از خون آدم‌ها سیراب می‌شد. چون پیش از این‌که دادگاهی پای بگیرد احکام اعدام آن را از پیش برای متهمان می‌نوشتند. دفاعیه‌ای در کار نبود و وکیل نیز هرگز به صحن چنین دادگاهی راه نمی‌یافت. در قاموس روح‌الله خمینی دفاعیه یعنی این‌که متهمان متنی را تکرار نمایند که ضمن آن تقاضا می‌شد تا "رأفت اسلامی" نصیب ایشان گردد. ماجرایی که متاسفانه تا زمانه‌ی ما نیز هم‌چنان دوام آورده است.
واژه‌هایی از نوع محاربه، مفسد، باغی، مرتد و ملحد را روح‌الله خمینی به قانون کشانده بود تا به اتکای آنها قانون مجازات اسلامی پا بگیرد. قانونی خود‌نوشته که هرگز با خواست و اراده‌ی عمومی مردم همنوایی و همخوانی نشان نمیداد. حتا گونه‌های ویژه‌ای از حد و تعزیر را نیز به متن آن افزودند. ذهن مردم هرگز با اصطلاحاتی از این دست سازگاری نداشت. واژه‌هایی که در عین حال در متن‌های تاریخی، سیمایی وحشت‌انگیز از تمامی آنها به نمایش درمی‌آمد. در همین متن‌های تاریخی بود که فقیه به اتکای محتسب، قاضی و داروغه گونه‌هایی از آنها را به اجرا می‌گذاشت. اما چنین فقیهانی از نو به تاریخ بازگشته بودند تا لابد کار ناتمام خود را در کشتار به انجام برسانند.
تعزیر و شکنجه وسیله‌ای در دستان این قاضیان جدید بود تا متهم سیاسی خود را به حرف بیاورند و به اعتراف وادار نمایند. اعدام‌های مصنوعی و دستگاه‌های مدرن شکنجه نیز گاهی به همه‌ی آنها افزوده می‌شد. متهم سیاسی در بازجویی‌ها می‌باید به کارهای ناکرده‌اش اقرار نماید. حتا متهم را پیش از آن‌که به چوبه‌ی دار بسپارند، بارها از راه‌های اعدام ساختگی عبور می‌دادند. چنین راهکاری به ظاهر در اعتراف‌گیری از متهمان تسهیل‌گری لازم به عمل می‌آورد.
اما کشتار روح‌الله خمینی تنها کشتار فردی نبود. کشتار جمعی، گروهی، قومی، فرقه‌ای و مذهبی نیز جایگاه ویژه‌ای را در ذهن فرسوده‌ی او پر می‌کرد. حتا هدفی را پیش رو داشت که "اسرائیل باید از صفحه‌ی روزگار محو شود". حکمی که پشتوانه‌ای از شرع حکومتی را هم به همراه داشت. اما او هیچ توضیحی در خصوص چند و چون محو کردن اسرائیل به دست نمیداد. در نتیجه هدفی در ذهن پیروانش پا می‌گرفت که جهودان را باید به دریا ریخت و غرق کرد. بهائیان نیز با همین رویکرد ایذایی مورد تعقیب قرار می‌گرفتند. حتا به ترکمن صحرا یورش بردند که نمونه‌ای از قوم‌کشی را در آن‌جا به اجرا بگذارند. عرب‌های خوزستان نیز از همین سیاست ایذایی جمهوری اسلامی سهم می‌بردند. اما او برای سرکوب کردها جای ویژه‌ای باز کرد که علیرغم کشتاری چهل و پنج ساله، هرگز نتوانستند به هدف خود از آن دست بیابند. سر‌آخر نوبت به درویشان و صوفیان هم رسید. روح‌الله خمینی برای همه‌ی آنان پرونده‌ای گشود تا بتواند مدینه‌ی جاهله‌ی خود را در فضای آن به انجام برساند.
روح‌الله خمینی حکم ترور نیز صادر می‌کرد. او چنین حکمی را خیلی روشن و آشکار برای سلمان رشدی صادر نمود. او از شهروندان کشور و مسلمانان همه‌ی کشورها می‌خواست که سلمان رشدی را در کشوری ثالث به قتل برسانند و مزدش را هم از نهادهای جمهوری اسلامی بگیرند. پدیده‌ای مذموم که در سیاست جهانی تازگی داشت. چنین حکمی را نیز نمونه‌ای گویا از جهل و احکام دینی پوشش می‌داد. چون در آن زمان هنوز هم از ترجمه‌ی فارسی آیات شیطانی نسخه‌ای در دیدرس نبود تا روح‌الله خمینی حکم شرعی خود را بر اساس آن صادر نماید.
ذهن تاریخی شیعه نیز با چنین راهکاری از عدالت موافقت نشان می‌دهد. چون در همین ذهن تاریخی است که "علی" تنها با شمشیر خود هویت می‌یابد. شیعیان چنین هویتی از شمشیر را برای امام زمان موهوم خود نیز لازم دیده‌اند. در باور شیعیان، او روزی خواهد آمد تا ضمن کشتار مخالفانش جهان را پر از عدل و داد نماید. همان نوع از عدالت که در راهکارهای سیاسی یا دینی روح‌الله خمینی نیز به چشم می‌آید.
در رسانه‌های عمومی گفته می‌شود که سال ۱۳۶۷ "هیئت مرگ" روح‌الله خمینی هزاران نفر از مخالفان دگراندیش را در زندان‌ها کشت. اما پیش از آن نیز چندین و چند برابر همین جانباختگان در زندان‌های روح‌الله خمینی سر به نیست شدند. در عین حال، روح‌الله خمینی و گماشتگان او از ته دل باور داشتند که می‌توانند ضمن همین کشتارها عدالت مذهبی خود را برای توده‌های مردم به اجرا بگذارند. اگر پس از انقلاب، محمدی گیلانی، اسدالله لاجوردی و صادق خلخالی چنین هدفی را عملیاتی می‌کردند، در سال ۶۷ "هیأت مرگ" پا گرفت که برای عملیاتی کردن نمونه‌های ویژه‌ای از اعدام دستور کتبی روح‌الله خمینی را به همراه داشت. افراد این هیأت عبارت بودند از: ابراهیم رئیسی، مصطفا پورمحمدی نماینده‌ی وزارت اطلاعات، حسینعلی نیری حاکم شرع، مصطفا آوایی و محمدحسین احمدی که همگی جایگاهی از محمدی گیلانی، خلخالی و لاجوردی را برای روح‌الله خمینی پر می‌کردند.
یک دهه پس از این کشتار، ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای پیش آمد. ضمن قتل‌های زنجیره‌ای شمار زیادی از هنرمندان به قتل رسیدند که قرار بود این قتل‌ها نیز هم‌چنان ادامه یابد. اجرا و عملیاتی شدن قتل‌های زنجیره‌ای را به پای سعید امامی می‌نویسند. اما او در این ماجرا به تنهایی عمل نمی‌کرد. اندیشه‌ای پا گرفته بود که ضمن این ترورها خواهند توانست برای همیشه مخالفان سیاسی خود را از سر راه بردارند. حتا فرآیند آن را برای برپایی مدینه‌ی فاضله‌ای موهوم در آینده‌ای نزدیک وثیقه می‌گذاشتند. تئوریزه کردن چنین مدینه فاضله‌ای به همان "امام راحل" بازمی‌گشت که لابد در چرخه‌ی فکری او دوران اعتلای خود را می‌گذرانید. چنین دیدگاهی تا کنون نیز دوام آورده است و مجموعه‌ی علی خامنه‌ای هم‌چنان بدون کم و کاست بر اجرای آن اصرار می‌ورزند تا بهشت مرگباری را که "امام راحل" انتظارش را داشت به مردم ارزانی نمایند. هرچند مردم از راهیابی به چنین بهشتی اعراض دارند، ولی علی خامنه‌ای ضمن کشتار و اعدام از رسیدن به آن چیزی فرونمی‌گذارد.
مردم در دیدگاه فقهی روح‌الله خمینی، علی خامنه‌ای و دیگر فقیهان و مراجع حکومتی، به شکلی از گله‌های انسانی ظاهر می‌شوند. سرپرستی و ولایت چنین گله‌هایی را به همان فقیهان سپرده‌اند. فقیهان در کار خود هرگز رضایتی را از سوی آدم‌ها لازم نمی‌دانند. گفته می‌شود که آدم‌ها همگی به نمونه‌ای کافی از شعور انسانی دست نیافته‌اند. چنین چینشی از جامعه را هم به خداوندی موهوم در آسمان منتسب می‌نمایند. در نتیجه موضوع شهروند و حقوق شهروندی در نگاه ایشان امری مردود شمرده می‌شود. آنان مالیات و عوارض مردم را می‌گیرند تا در هر جایی که بخواهند هزینه کنند. تمامی این‌ها آموزه‌هایی است که از اسلام سیاسی روح‌الله خمینی برای گردانندگان کنونی جمهوری اسلامی به ارث باقی مانده است. هرچند چنین سیاست‌هایی به ظاهر به قصد خیرخواهی‌های عوامانه صورت می‌پذیرد، ولی هدفی جز فساد حکومتی، رانت دولتی و فربگی مدیران خودفروخته‌اش را دنبال نمی‌کند.
جمهوری اسلامی پس از مرگ روح‌الله خمینی حتا بر مرگ او صحه نمی‌گذاشت. چون گفته شد که روح او به "ملکوت اعلی" پرواز کرده است. لابد ملکوت اعلی را جایی خودمانی‌تر برای قاتلانی از این دست به حساب می‌آوردند. جایگاهی که شاید بر بهشت خداوند نیز برتری داشت. انگار با ملکوت اعلی جایی در عرش خداوند را نشانه می‌گذاشتند. چون روح‌الله خمینی به سکنا در بهشت چنین خداوندی نیز رضایت نمیداد. پس از مرگ ابراهیم رئیسی نیز رسانه‌های دولتی همین هدف را به پیش بردند. چون می‌گفتند: "ابراهیم رئیسی آسمانی شد". گویا قاتلان مردم بنا به تقدس خویش به جایی فراتر از بهشت خداوند راه می‌یابند تا همگی در سامانه‌ای از ملکوت آسمانی بیارامند. ملکوت اعلی و آسمان بدون تردید همان جایی است که قاتلان زمینی در سامانه‌ای بی‌سامان از آن به سر می‌برند.
